L'occupation du site de Lectoure est constante depuis le mésolithique entre 10.000 et 2.500 av. J.-C., comme en témoignent les nombreux vestiges retrouvés lors de fouilles. La situation géographique en éperon barré du site a toujours favorisé l'occupation humaine. Un éperon barré désigne en archéologie un promontoire rocheux dont les structures fortifiées (mur de pierres sèches, palissade, fossé…) constituent une avancée d'un relief, un éperon naturellement protégé, afin d'y établir une occupation humaine défendue. Lectoure s'élève donc sur un éperon calcaire, siège de l’ancien oppidum - défini par les Romains comme un type d’habitat protohistorique fortifié. 

Occupée pacifiquement par les Romains, Lectoure ou Lactora en latin est une cité aquitano-romaine, capitale des Lactorates, peuple de l’Aquitaine qui fait partie de la province romaine appelée Novempopulanie. La cité s'étend alors dans la plaine, au sud, débouchant sur la rivière Gers, et connaît une longue période de prospérité. Lectoure est située à l’intersection de deux voies principales, un axe est-ouest, venant de Toulouse pour aller à Bordeaux, et nord-sud qui, venant d’Agen, va vers Auch et jusqu’à Saint-Bertrand de Comminges, l’antique Lugdunum Convenarum. Cet itinéraire est mentionné sur la table de Peutinger, ancienne carte romaine où figurent les routes et les villes principales de l'Empire romain qui constituent le cursus publicus, c’est-à-dire le service de poste qui assure les échanges officiels et administratifs au sein de l’Empire.  Ces voies sont empierrées et régulièrement entretenues. Tout autant que la voie romaine, le Gers, bien que difficilement navigable, permet probablement un transport saisonnier des marchandises entre Lectoure et la Garonne (importation d’amphores et poteries, exportation de blé et de vin). L’activité économique y est essentiellement agricole, céréales et vigne. On a retrouvé dans les puits funéraires gaulois des sarments de vigne taillés, ce qui prouve que la viticulture est depuis longtemps à l’honneur. 

Les invasions barbares successives, notamment celle des Wisigoths venus de l’est, obligent les habitants à revenir sur la hauteur, à élever des remparts et à faire de Lectoure une place forte pendant plusieurs siècles. Sa réputation est fermement établie. Victor Hugo, dans Notre-Dame de Paris, fait dire à l'un des gueux lancés à l'assaut de Notre-Dame : « Par les moustaches du pape ! (...) Voilà des gouttières d'églises qui vous crachent du plomb fondu mieux que les mâchicoulis de Lectoure. » Ville principale de la Lomagne et capitale du comté d'Armagnac, elle connaît pourtant plusieurs sièges, notamment celui de 1473 qui voit la capitulation et la mort de Jean V d'Armagnac, et une destruction presque totale. Réunie à la couronne de France, Lectoure renaît de ses cendres. Elle subit de nouveaux sièges lors des guerres de religion : alors possession des rois de Navarre, protestante, elle doit capituler devant Blaise de Monluc. Les XVIIe et XVIIIe siècles sont une période calme où s'épanouit une société bourgeoise et de petite noblesse. En effet, jusqu'au milieu du XVIIe siècle la ville jouit des préférences fiscales données par Louis XI et renouvelées par ses successeurs. À la Révolution, de nombreux volontaires s'enrôlent et deviendront des figures marquantes de l'Empire : le maréchal Jean Lannes, et une pléthore de généraux. Leurs portraits ornent aujourd’hui la salle des illustres de l’Hôtel de Ville, ancien palais episcolpal construit en 1676.   Les XIXe et XXe siècles voient un lent déclin de la ville à l’instar de la plupart des autres petites villes. Sa population décroît de manière inexorable avec la rupture brutale due aux guerres mondiales - surtout celle de 1914-1918, qui épargnent cependant Lectoure, de par sa situation géographique éloignée des opérations militaires, qui lui vaut en revanche un afflux de réfugiés en 1940 - les Alsaciens de Saint-Louis.